非洲某国，病毒研究中心研制出了一种新型病毒，原本计划用于对抗兽人。然而，实验结果表明，兽人对病毒的抵抗力极强，短时间内便适应了病毒，导致项目被迫搁置，病毒样本被封存在研究中心。
尽管对兽人无效，这种病毒对人类却极具威胁性。
一队雇佣兵盯上了病毒样本，企图将其据为已有。摩根发现了他们的计划，并将情报交给了美国队长。美队决定亲自出马，阻止这场危机。
他带上了刚刚完成强化、仍在适应阶段的娜塔莎，以及尚未完全掌握魔法控制的旺达，阻止雇佣兵。
雇佣兵行动迅速，一进入研究中心便释放毒气弹，企图消灭所有人员并夺取病毒样本。
然而，旺达用魔法成功控制了毒气的扩散，美队则顶着枪林弹雨，迅速清理了大部分敌人。
就在此时，一名身穿外骨骼装甲的佣兵突破了防线，抢走病毒样本，打破窗户跳上事先准备的逃亡车辆。他将样本交给同伴，自已则留下来断后。
美队与娜塔莎立即追击。娜塔莎经过强化后，身体能力大幅提升，再加上生物装甲的加持，速度极快。她迅速追上逃走的佣兵，顶着子弹轻松解决了战斗，成功夺回病毒样本。
与此同时，美队与外骨骼装甲佣兵展开交战，几招之内便将对方击倒。当佣兵摘下头套时，美队惊讶地发现，对方竟是他的老熟人，前神盾局机动部队队长，交叉骨朗姆洛。
交叉骨趁美队分神之际，引爆了随身携带的炸弹，企图与他同归于尽。
危急时刻，旺达及时赶到，用魔法包裹住爆炸能量，将交叉骨和炸弹一同送上天空，试图在空中引爆以保护地面群众。
然而，旺达的魔法控制力尚未成熟，炸弹在上升过程中失控，炸毁了旁边的大楼，导致众多平民丧生。
另一边，托尼·斯塔克的演讲现场。
托尼正在展示一种全新的虚拟现实技术，重现了他当年未能与父母道别的场景。演讲结束后，一位女士在后台拦住了他，“你制造的机器在索科维亚害死了我的孩子。你以为你是为我们而战，其实只为你自已。”托尼无言以对，内心充满懊悔。
复仇者基地，电视上正在播放旺达失手导致大楼爆炸的新闻，舆论一片哗然。
瓦坎达国王公开指责复仇者是危险人物。美队对此早已习以为常，但旺达却深受打击。
美队来到她的房间安慰她，快银也赶回来陪伴妹妹。
就在这时，幻视穿过墙壁进入房间，通知众人罗斯将军已抵达基地。
复仇者会议，罗斯将军列出了自复仇者成立以来所有战役造成的损失，尤其是索科维亚事件。尽管复仇者后来弥补了一部分损失，但其影响依然不可估量。
为此，全球各国联合推出了《索科维亚协议》，要求复仇者联盟未来的行动必须受到联合国制约。
罗斯将军将协议文件直接交给了旺达，试图利用她的内疚感迫使她接受。
罗斯将军离开后，复仇者们展开了激烈讨论。
美队认为，签署协议将使复仇者沦为政客的工具。托尼则一反常态地没有立刻发表意见，他仍在思考那位女士的话。
经过很长时间的沉默，托尼终于开口，“我们完全没有决策过程，这些灾难我们需要负起责任。不接受限制，我们和那些恐怖分子有什么区别！”
摩根对讨论毫无兴趣，蹦蹦跳跳地离开了会议室。
罗德和幻视支持托尼的观点，甚至连与美队并肩作战的娜塔莎也表示赞同。复仇者联盟内部开始出现裂痕。
联合国大会，瓦坎达国王正在宣读《索科维亚协议》时，一辆炸弹汽车突然袭击了会场。瓦坎达国王当场身亡，王子特查拉发誓要为父亲报仇。
而监控显示，发动袭击的正是美队的好友巴基。警方随即发布通缉令，全球追捕巴基。
美队坚信巴基是无辜的，他私下找到摩根，请求她帮忙定位巴基的位置。
摩根通过网络瞬间锁定了巴基的藏身之处。
美队赶到后，巴基坚称自已与袭击无关，他没去过联合国大会，美队毫不犹豫地相信了他。然而，警方也追踪到了巴基的位置，特警迅速包围了他们的藏身地。
美队和巴基联手反击，轻松击退了特警。就在他们试图逃离时，一名身穿黑豹战衣的神秘人挡住了去路。
经过了一顿交战，黑豹拦住了两人的退路，而警方也包围了上来，美队和巴基最终选择投降，被当场抓获。
巴基被关押在特制牢房中，此时的托尼仍然在劝说美队签署协议，以避免更严重的后果。美队起初犹豫了一下，刚准备拿笔签署，但在得知旺达被软禁后，他毅然拒绝签署，转身离开。
与此同时，一名心理医生对巴基进行评估。突然，大楼断电，医生拿出一本笔记本，用俄语念出了九头蛇控制巴基的洗脑指令。巴基失控，冲破牢房，疯狂逃窜。
美队得知消息后，立即赶到现场试图阻止巴基。其他复仇者象征性地阻拦了一下，最终放任两人自行解决冲突。美队与巴基在天台激战，最终双双坠入湖中。美队将巴基救起，带到一个隐秘的仓库。
巴基恢复了记忆，告诉美队那名心理医生有问题，他已从自已这里获取了其他冬兵战士的位置。如果这些冬兵被释放，后果不堪设想。
罗斯将军得知巴基逃脱后，直接找到托尼，要求他尽快抓捕巴基，甚至不惜对美队动手。托尼经过深思熟虑，最终答应了罗斯的要求。
想了一下各自的配置，班纳跑了，离开地球不知所踪，索尔还在家里陪妹妹，幻视需要限制旺达，并且太危险容易造成大规模伤亡，摩根小可爱就看着快银就好，不需要战斗。
那自已这边能用的就只有他的好哥们罗德和娜塔莎了。
而美队那边，剩下巴顿和巴基。
美队觉得并不稳妥，他们需要其他帮手，娜塔莎推荐了黑豹，毕竟能拦住美队和巴基两人，实力不弱，托尼也有了一个人选，是当时摩根给他看的一段街头英雄救人的画面，根据分析有强大的力量和身体强度，不输那些强化战士。
有了目标两人分开行动，娜塔莎去说服黑豹，托尼则是去找小蜘蛛。
经过一番交流后，黑豹和小蜘蛛都同意加入托尼的团队。
而美队这边知道托尼一定会来阻止自已，他也找了两个帮手，一个是经常一起晨跑锻炼的猎鹰，另一个是在复仇者资料库里发现的蚁人斯科特。
托尼的团队包括罗德、娜塔莎、黑豹和蜘蛛侠；美队则集结了猎鹰、巴顿、巴基和蚁人。一场复仇者内部的对决即将展开。
美队联系了他在神盾局的内应——沙朗·卡特，后者成功将他们的装备带了出来。一行人迅速赶往机场，准备乘坐飞机前往封存冬日战士的基地。
然而，就在他们抵达机场时，疏散警报突然响起。美队立刻意识到，托尼来了。
众人迅速穿上装备，直奔飞机而去。但还没跑多远，托尼和罗德便从天而降，挡在他们面前。
“哇哦，这场景还真是奇怪！”罗德一如既往地开启了吐槽模式。
美队试图解释，真正的罪魁祸首是那名心理医生，但托尼根本听不进去。双方僵持不下，气氛剑拔弩张。
托尼率先发难：“睡衣宝宝！”
随着他的指令，小蜘蛛迅速发射蛛网，捆住了美队的双手，并顺势抢走了他的盾牌。然而，美队这边反应极快。巴顿一箭射断蛛网，斯科特则从蚁人状态瞬间变大，一脚踢开小蜘蛛，夺回了盾牌。
混战爆发，双方各显神通，但都默契地留了手。趁着混乱，美队和巴基冲向停机坪，却发现娜塔莎早已等在那里。她没有阻拦，反而发射了一枚控制飞弹，拦住了追来的黑豹。
美队对娜塔莎点了点头，迅速登机离开。
看到飞机升空，托尼和罗德立即追了上去。猎鹰则在后方发射飞弹，试图干扰两人。罗德呼叫幻视把猎鹰打下来！
幻视照做，一道能量光束射出，但猎鹰灵活躲过，光束意外击中了罗德的反应堆。战甲瞬间熄火，罗德从高空坠落。
托尼加速试图接住他，但显然来不及了。就在这时，一直坐在飞机头看戏的两人都动了。摩根瞬间加速，形成音爆，稳稳接住了罗德，将他安全带回地面。
快银看到这一幕，耸了耸肩，回到飞机头继续看戏。托尼落地后长舒一口气，感激地看了摩根一眼。
然而，他的怒火很快转向了猎鹰，一记掌心炮将他击飞。
“小摩根，帮我把那架飞机弄下来。”
“不要，我已经出过力了，现在我要回去休息！”摩根蹦蹦跳跳地回到飞机头，和快银继续观战。
闹剧结束后，美队一方的几人被抓获，关进了监狱。娜塔莎因放走美队和巴基，被联合国通缉，不得不离开复仇者基地，开始了逃亡生涯。
“摩根，你明明可以轻松控制那架飞机，为什么不帮我？”
摩根没有回答，而是传给他一份资料：“这是我收集的资料，那个医生确实是假的。”
托尼看完资料，终于意识到自已错了。“你能找到他们的踪迹吗？”
“我正在实时监控。”
“把位置传过来，我要去帮他们。”
三人在九头蛇基地相遇。经过简短的解释，他们继续向基地深处搜索，却发现所有冬兵战士已被杀死。
泽莫现身，揭开了他的复仇计划——他的家人死于索科维亚灾难，他无法直接击败复仇者，便设计让他们从内部瓦解。
泽莫播放了托尼父母被巴基杀害的影片，随后悄然离开。
“你一直都知道这件事？”托尼愤怒地质问美队。
美队沉默，这无异于默认。
托尼瞬间暴怒，向巴基发动猛攻。美队试图解释巴基当时被洗脑，但托尼已被愤怒吞噬，毫不留情地攻击巴基。
在三人的混战中，托尼的反应堆被破坏，战甲失去动力，倒在地上。他看着美队和巴基离开的背影，“你不配用我父亲做的盾牌。”
美队一怔，将盾牌扔下，扶着重伤的巴基离开了基地。
基地门口，黑豹早已在这里等待，旁边是倒地的泽莫和静静站立的摩根。
“你不去帮托尼吗？”黑豹问摩根。
“人类的情感太过复杂，我的推演告诉我，不能干预。他需要自已走出来。”
美队走到门口，本以为还有一战，却听到黑豹说：“我们已经知道真相。你和你的朋友需要一个庇护所，去瓦坎达吧，巴基会在那里得到救治。”
美队看向摩根，小萝莉淡淡说道：“如果托尼出来后还想杀巴基，我会帮他完成。”
美队点点头：“帮我跟托尼说声抱歉。我隐瞒他父母的死讯，本是不想让他受到伤害，但现在看来，我只是不想自已受到伤害。”
摩根点头，让开了路。
美队扶着巴基登上黑豹的飞机，离开了基地。
托尼一步步走出基地，手中的盾牌显得格外沉重。身体的伤痛远不及心中的痛苦。
摩根将美队离开时的话转告给托尼。托尼沉默良久，最终叹了口气。他知道，这场冲突他们都没错，只是各自的立场不同。
美队则是乘坐黑豹的飞机，先是来到监狱救出了他的队友，然后去往瓦坎达治疗巴基，不过巴基觉得自已可能还会被控制，自愿被冰冻起来。
